Есть такая беда...
Я тоже сначала долго мучился, запускал заливку по новой пока процесс не начинался нормально.
Потом уже выяснил...
что если во время заливки
http://letitbit.net/ сообщает Transfer complete! или говорит что скорость накачки 0 или передано 0 байт всего лишь глюк скрипта статистики, а на самом деле он продолжает качать.
Так что не обращаете внимание он на самом деле качает.
Как залить по фтп не в курсе, у меня так и не получилось...
По поводу проверки файлов тоже сталкивался... такие файлы лучше удалять и закачивать заново, это проблемы с
http://letitbit.net/ ом.